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L'Église Wallonne est riche d'un instrument unique dont l'histoire débute en 1746. La restauration de l'église Wallonne en 2013/2014 a aussi fourni l'occasion d'une restauration de l'instrument.
Erik van Bruggen à l'orgue de l'église Wallonne de Leyde
En 1746, Gerard Steevens, facteur à Leyde entreprit la construction d'un positif à l'époque où la communauté wallonne se réunissait à la Vrouwekerk, mais il ne put pas mener le projet à bonne fin. Son collègue Pieter Assendelft acheva la facture de l'instrument en 1748-1750 en y adjoignant un second clavier.
En 1819 l'instrument fut déménagé à son emplacement actuel. Il se déplaça de nouveau en 1845, 1890 en 1911. Sur la base d'un rapport de Klaas Bolt établi en 1967, le facteur Flentrop Orgelbouw entreprit une restauration 1986/1987, à l'occasion de laquelle il rétablit le tempérament 1750 et les soufflets de la soufflerie. Pour des raisons financières le soubassement de l'orgue et sa décoration furent laissés dans leur état de 1911.
En 2013/14, une nouvelle restauration de l'église offrit l'occasion de rétablir la décoration originelle du buffet et des soubassements de l'orgue. Un entretien en profondeur de l'instrument offrit la possibilité d'adjoindre un pédalier à la soufflerie, de retoucher l'intonation en baissant la pression de 71mm à 60mm et de l'accorder sur des tons moyens. Les travaux furent exécutés par le facteur Flentrop Orgelbouw sur les conseils de Peter van Dijk et d'Erik van Bruggen (Organiste titulaire de l'Église Wallonne). Au nom du service national du patrimoine culturel, Wim Diepenhorst prit une part importante au projet.
