Comme les autres Églises Wallonnes des Pays Bas, l'Église Wallonne de Leyde est membre de la Protestantse Kerk in Nederland (Église Protestante des Pays-Bas)

L'Église Wallonne de Leyde fait partie des 12 Églises Wallonnes encore existantes aux Pays-Bas rassemblées au sein de la "Réunion Wallonne".

Elle entretient des liens directs ou indirects avec les Églises protestantes francophones du monde entier.