L'histoire de l'Église Wallonne de Leyde appartient à  l'histoire des Pays-Bas et à  la contribution des Églises Wallonnes à  l'histoire des Pays-Bas depuis le XVI^ème siècle. En plus de l'actuelle église Wallonne, le patrimoine historique de la ville de Leyde comporte de nombreuses traces de la présence wallonne à  Leyde. L'orgue de l'église Wallonne de Leyde témoigne lui-même de cette longue histoire.