Sinds de Synode van Dordrecht van 1578 zijn de Waalse Kerken onderdeel van de Hervormde (nu Protestantse) Kerk.
In 2004 is de Hervormde Kerk met de Gereformeerde Kerken in Nederland en de Luthers-Evangelische Kerk gefuseerd tot de Protestantse Kerk in Nederland.
De Waalse Kerk van Leiden behoort dus met overtuiging bij de PKN zoals de andere Waalse Kerken. De Waalse Kerk heeft alles met de PKN in het algemeen : belijdenissen, sacramenten, theologie, liturgie, organisatie en administratie.
Zij scheidt zich onder alleen voor het gebruik van de Franse taal in de eredienst en de andere activiteiten. Deze francofonie is een erf van het verleden en een indentiteitstekening, niet alleen voor de Waalse kerken maar ook voor de hele Protestantse Kerk in Nederland. De Waalse Kerk is geen Franse Kerk in buitenland maar een echte Nederlandse Protestantse Franstalige Kerk.