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Depuis le Synode de Dordrecht de 1578, les Églises wallonnes aux Pays Bas font partie de l'Église réformée néerlandaise (Hervormde Kerk).
En 2004, cette église s'est fondue avec l'Église luthérienne des Pays-Bas dans la "Protestantse Kerk in Nederland" (PKN) .
C'est donc à cette Église Protestante aux Pays-Bas que l'Église wallonne de Leyde, avec toutes les autres Églises wallonnes, appartient maintenant, et cela avec conviction. Avec l'Église Protestante aux Pays-Bas, l'Église Wallonne a tout en commun : ses confessions de foi, ses sacrements, sa théologie, sa discipline ecclésiastique, sa liturgie, et ses formes d'organisation et d'administration.
Elle se distingue au sein de la PKN par l'emploi du français dans toutes ses activités, surtout dans le culte. Cette francophonie est une réminiscence de l'histoire et un signe de l'identité, non pas seulement des Églises wallonnes elles-mêmes, mais aussi de l'Église Protestante néerlandaise dans son entier. L'Église wallonne n'est pas une église française à l'étranger, mais une église néerlandaise d'expression française.
