Evenals de andere Waalse kerken in Nederland is de Waalse Kerk Leiden deel van de Protestantse Kerk in Nederland (PKN).

De Waalse Kerk Leiden behoort tot de Ring Réunion Wallonne waarin de 12 nog in Nederland bestaande Waalse gemeenten verenigd zijn.

De Waalse Kerk Leiden onderhoudt directe of indirecte banden met tientallen Franstalige protestantse kerken in de hele wereld.